科学家在试图弄清某些特定的组织或细胞会产生哪些蛋白质时，常需要借助2种技术：二维凝胶电泳 （ 2-D 凝胶）和质谱技术。利用2－D凝胶,科学家把蛋白质混合物加到薄薄的凝胶一侧，先在一个方向上 电泳 ，将不同（质量）大小的蛋白质分子区分开，然后在与其相垂直的另一个方向上再次 电泳 ，分离带不同电荷的蛋白质。蛋白质的分子量大小和带电情况各不相同，这样就会在凝胶上出现在各自相应的位点上。研究人员把凝胶上不同位置的点切下来，再利用其它技术就可鉴定各个点中所含蛋白质的特性了。将两种组织分别进行 2-D 凝胶 电泳 ，通过比较所出现的点的差异，可以找出一种组织合成而另一种组织不能合成的蛋白质。
质谱技术利用磁场或电场，根据各种蛋白质的不同原子构成而将它们区分开，其结果是在曲线图上显示出一个特殊的峰。无论 2-D 凝胶 电泳 还是质谱技术，目前都还有不尽如人意的地方。众所周知， 2-D 凝胶电泳操作比较困难，而且无法分离特别大或特别小或者那些跨膜的蛋白质分子。而质谱技术的费用相当昂贵（一台仪器的价格超过50万美元），对于微量的蛋白质有时也难以检测出来。
不过，一些公司正在对这些方法进行改进，以便能像人类基因组计划那样实现大规模工业化操作