超纯水系统在刚开始取水时有水质不稳定的情形发生。长时间停止运作的超纯水系统，重新运作后所採得超纯水，其比阻抗值与 TOC 值的变化情形。结果显示，所取水质的比阻抗值虽都在 18.2 MΩ．cm，但系统刚开始运作时的水质却有很高的 TOC 值。而随着取水量的增加，超纯水的 TOC 值也会跟着下降。由此可知，取水初期的超纯水水质并不安定，即使使用适当的纯化方法，原因在于滞留于超纯水系统中的超纯水水质仍有劣化的可能。
超纯水的 TOC 值对 HPLC 的分析具影响性已经是确知的。也就是，如果不能获得 TOC 值稳定的超纯水，HPLC 分析就不能获得安定的背景值，就无法获得具再现性的结果。