超纯水取水后很容易遭到环境污染，所以即取即用的方式是最合适的。只有把超纯水与环境接触的时间缩到极短，才能够获得纯度稳定的超纯水。
在配置高纯度的化学试剂时，尽量不要使用长时间储桶中存放的超纯水，因为储桶经长时间使用后，会因杂质、微生物的污染而造成水质的劣化，像这种水，在使用时已经不再是超纯水。
纯水储桶最好安装空气过滤器，防止环境因素造成的污染。
储水桶请勿放置在日光直射处，水温上升，容易造成微生物繁殖。特别是半透明储水桶，也会因为日光通透而造成藻类繁殖。
超纯水取水时一定要将初期的出水放掉，以获得稳定的水质。
取水时让超纯水顺着容器侧壁流入，尽量不要让气泡产生，可降低空气污染。
请不要在终端滤器后再连接软管，使用直接取水的方式才能获得纯度高的超纯水。
长时间不用纯水时，应将压力储水桶中的RO水全部放掉以防止污染。
超纯水机若长时间不使用，再次使用时应把初期纯水充分放掉以确保水质。原则上，纯水机应至少每7—10天通水一次，以防止微生物污染。