市售 HPLC 用试药级纯水（瓶装）并不完全适用于 LC/MS 分析用。HPLC 用水是将紫外线吸收范围 (200nm～400nm) 的污染物质去除的超纯水，无论是 UV侦测器、萤光侦测器或折射率侦测器 (RI Detector)，其检测结果虽同，但若检测其总有机物含量 (TOC) ，却仍能检测出相当多不具有紫外线吸收波长的有机物质。

在此，分别使用超纯水（经紫外线灯照射处理）与市售 HPLC 用试药级纯水进行 LC（使用 Diode Array 侦测器）与 LC/MS 分析比较。结果显示，HPLC 用水的杂讯相当明显。因此，若使用市售的HPLC 用水，必须事先进行空白检测来确认水质是否干扰分析结果。

若使用具紫外线照射的超纯水系统仍然无法去除干扰，请确认所使用试药的纯度。此外，调配后的试药溶液经长时间保存后，是否因蒸发而造成组成份的改变，或是水溶液中发生微生物的污染，都应该加以注意。所以，试药溶液最好在使用前才配制。

另外，超纯水的使用方式也会对检测造成影响。因此，从取水的方法到试药的正确调配等，都必须要有一定的了解。